Pikmin 3 Deluxe terbukti menjadi sebuah kesuksesan di Jepang, meskipun keluar dari chart Inggris Raya hanya setelah satu minggu. Game Wii U yang diperbarui ini kini adalah game terlaris dari serinya untuk daerah Jepang, dengan 513.225 kopi terjual. Sebelumnya, Pikmin pertama yang berada di puncak dengan 502.996 unit terjual.
Berikut adalah penjualan masing-masing Pikmin di Jepang sepanjang masa:
1. [NSW] Pikmin 3 Deluxe - 513.225
2. [NGC] Pikmin - 502.996
3. [NGC] Pikmin 2 - 483.027
4. [WII] New Play Control! Pikmin 2 - 237.064
5. [WIU] Pikmin 3 - 232.313
6. [WII] New Play Control! Pikmin - 170.866
7. [3DS] Hey! Pikmin - 157.007
Sumber: Nintendo Life.